在高新技术企业中，企业的研发费用的核算依据主要是《高新技术企业认定管理工作指引》以及《高新技术企业认定管理办法》等相关文件（以下简述为《认定办法》），而高新技术企业的研发费用加计扣除核算主要是根据《企业研发费用税前扣除管理办法》以及《关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》等相关文件（以下简述为《税前扣除》）。两者之间存在的异同点能够使企业对两种优惠政策进行充分的了解，并且按照一定的标准进行。
（一）相同之处
第一，活动范围基本相同。《认定办法》和《税前扣除》中都强调高新技术企业的研发范围必须属于《国家重点支持的高新技术领域》中的规定项目，否则，在税率上不予优惠。同时，《税前扣除》还要求高新技术企业的研发范围要和国家发改委颁布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》中强调的研发范围一样，因此，这两者要求的研究活动范围基本一样。
第二，项目的确定基本相同。《高新技术企业认定管理工作指引》对研发项目有一定的定义，是指具有单独的时间，实施相关人员最佳配置，不重复地进行研发活动。同时，《税前扣除》对研发项目的规定是以企业的董事会议共同决议，并下发相应的文件对研发项目进行批准同意，然后立项。从本质上来说，两者确定的研发项目是相同的，只是角度上稍微有点偏差。
第三，审计要求基本相同。在审计上，各个文件的要求都是大同小异的，在《认定办法》文件中要求高新技术企业必须经符合条件并具有相关资质的审计机构审计，并出具专项审计报告，并且需要填写一张“研究开发活动（项目）情况表”。同时，在《税前扣除》中对高新技术研发费用的加计扣除核算也需要填写“研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表”，虽没有要求审计机构进行专项审计，但在具体操作过程中则需要向相关的中介机构提供审计报告。
第四，两者的账簿设计基本相同。对于高新技术企业的账簿设计，不管是《认定办法》还是《税前扣除》都要求企业建立一个完善的核算体系，实行专账管理，并建立研发费用核算明细账，对每一笔资金进行严格的管理，明确的记录，做到透明开支。
第五，科目设置完全相同，《认定办法》和《税前扣除》都应按照会计准则规定的会计科目来设置，进而核算研发费用。
第六，费用的归集方式基本相同，《认定办法》和《税前扣除》都应当按照企业不同的研发项目分别归集直接的人工、材料等直接费用和通过分摊的间接费用。
（二）不同之处
1.人员人工
《税前扣除》中仅包括直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。《认定办法》中人员还包括科技人员，辅助人员及非在职（外聘）技术人员且全年累计工作183天以上的研发人员报酬及与其任职或受雇有关的其他支出。
2.折旧与长期待摊费用
《税前扣除》中仅指专门用于研究开发活动的设备、仪器的折旧费用，《认定办法》中还包括研发项目在用建筑物的折旧费、研发设施的改装、改建、修理过程中发生的长期待摊费用。
3.设计制作费
《税前扣除》中只指新产品设计费、新工艺规程制作费；《认定办法》中包括为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等发生的一系列费用。
4.其他费用
《税前扣除》中规定其他费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10％。《认定办法》中，其他费用包括办公费、通信费用、差旅费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等内容范围要广得多，且该项费用占比不得超过研发费用总额的20％。
注解：
[1] 资料来源：《高新技术企业认定管理工作指引》。
